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En el marco de los poderes generales de gestión y de ejecución, la Comisión es la institución encargada por los tratados de ejecutar el presupuesto, bajo su propia responsabilidad, dentro del límite de los créditos autorizados y con arreglo al principio de buena gestión financiera (art. 317 TFUE). Deberá tener en cuenta, además, el Reglamento financiero y las formas específicas de participación del resto de Instituciones, así como el conjunto de normas y acuerdos comunes sobre financiación (art. 322 TFUE).

La ejecución se hace en estrecha colaboración con los EEUE; unas tres cuartas partes del presupuesto tiene una gestión compartida con ellos. Un conjunto de controles permite asegurar que se hace un uso legal y eficiente de los recursos gastados.

Aunque goza con carácter general de un poder de decisión propio de naturaleza ejecutiva, sin embargo está sometida a ciertos límites en su poder de ejecución presupuestaria: por ejemplo, no es competente para ejecutar las secciones del presupuesto correspondientes a las restantes Instituciones (respeto al principio de autonomía institucional).

La Comisión dispone de un control interno descentralizado basado en las direcciones generales que se responsabilizan de la fiabilidad y exactitud de los datos utilizados. El Servicio Financiero central se encarga del control interno global. También interviene un Servicio de Auditoría interna que debe controlar todas las operaciones de ejecución presupuestaria, desde el compromiso del gasto a la ordenación del pago, y la percepción misma de los ingresos. Además, la Comisión puede llevar a cabo los controles necesarios, ya sea asociada a los controles efectuados por los EEUE, ya sea procediendo a verificaciones in situ.

La ejecución del presupuesto en el seno de la Comisión se atiene a la separación de funciones entre quienes ordenan el ingreso o el gasto asumiendo la responsabilidad completa y final de la operación dentro del marco de su competencia («los ordenadores » que suelen ser los directores generales), los que realizan los cobros y los pagos y se responsabilizan de la contabilidad presupuestaria y la general («los contables») y los que controlan las operaciones de ejecución («los interventores» o auditores).

La Comisión presenta cada año al Parlamento y al Consejo las cuentas del ejercicio cerrado sobre las operaciones del presupuesto, un balance financiero del activo y pasivo de la UE y un informe de evaluación de las finanzas (art. 318 TFUE). La presentación de las cuentas cerradas del ejercicio al Consejo y al Parlamento da lugar a un debate y a la solicitud de explicaciones; a su vez el Tribunal de Cuentas debe enviar su informe con las respuestas de las Instituciones a sus observaciones, la declaración e fiabilidad de las cuentas y la regularidad y legalidad de las operaciones y los informes especiales del Tribunal de Cuentas. Primero se pronuncia el Consejo por mayoría cualificada y después el Parlamento aprobará la gestión de la Comisión por mayoría de votos emitidos. Es lo que se llamó tradicionalmente el «descargo» del presupuesto (art. 319 TFUE). El descargo o aprobación de la gestión es una acción técnica que tiene que producirse para cerrar definitivamente las cuentas y, por tanto, el ciclo presupuestario.

La actividad de control del Parlamento Europeo se engloba dentro de la general de control político que ejerce el Parlamento sobre la Comisión. Es, pues, un control político y un control externo (a diferencia del control interno —los interventores— de la propia Comisión) que no se limita a la aprobación de la gestión sino que en todo momento puede solicitar explicaciones y hacerle observaciones. La Comisión está obligada a darle toda la información y hacer todo lo necesario para dar efecto a sus comentarios o a los del Consejo.