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La Comisión Europea es una institución independiente de los Estados miembros (EEUE), de las otras Instituciones de la UE y de los intereses privados. La independencia es una cualidad exigida con carácter previo a su nombramiento: deben ofrecer «plenas garantías de independencia», pues los Tratados exigen que los miembros de la Comisión ejerzan sus responsabilidades con absoluta independencia y en «interés general de la UE» (art. 17.1 TUE).

Aunque los miembros de la Comisión, obviamente, tienen que ser nacionales de los EEUE y son propuestos por los Gobiernos, ni individual ni colegiadamente los representan y tampoco pueden defender intereses de los Estados ni de los particulares (art. 245 TFUE). Esa independencia exige de los miembros de la Comisión que no soliciten ni acepten instrucciones de ningún Gobierno ni de ningún organismo ni realicen actos incompatibles con el carácter de sus funciones, lo que significa que no pueden ejercer ninguna actividad profesional, remunerada o no, durante su mandato.

No dependen del mantenimiento de la confianza de sus Gobiernos ni del Consejo, que en ningún caso podrán cesarles. Únicamente podrán ser cesados de sus cargos por el Tribunal de Justicia, a instancia del Consejo o de la propia Comisión, si se constatase que un miembro de la Comisión no reúne ya las condiciones para el ejercicio de su cargo o si ha cometido una falta grave (arts. 245 y 247 TFUE). Aunque deberán conservar la confianza del Presidente de la Comisión.

Gozan de una amplia libertad de expresión para enjuiciar problemas europeos (aunque no deben hacer uso de informaciones que estén bajo secreto, art. 339 TFUE) o asuntos nacionales, expresándose bajo su responsabilidad personal, pues sólo las tomas de postura de la Comisión la comprometen en tanto que Institución.

Por otra parte, para reforzar esa independencia se les exige el compromiso solemne de respetar, en tanto permanezcan en sus funciones y aun después del cese de éstas, las obligaciones derivadas de su cargo, especialmente los deberes de honestidad y discreción en cuanto a la aceptación, después de este cese, de ciertas funciones o ciertas ventajas (art. 245 TFUE). Si alguno violase este compromiso estando en funciones, el Tribunal de Justicia, a instancia del Consejo o de la Comisión, podría obligarle a dimitir o cesarle y si ya hubiese cesado, retirarle la pensión.

Los deberes que se imponen a los Comisarios son, a su vez, una obligación para los EEUE que se comprometen a respetar esa independencia y a no tratar de influir sobre los miembros de la Comisión en la realización de sus tareas (art. 245 TFUE).

Otra de las características definitorias es la colegialidad. En palabras del Tribunal,

el principio de colegialidad se basa en la igualdad de los miembros de la Comisión, en cuanto a la participación en la adopción de decisiones, e implica en particular que se delibere colectivamente sobre las decisiones y que todos sus miembros sean responsables en forma colectiva, en el plano político, de todas las decisiones adoptadas.

Las decisiones o acuerdos se adoptan por mayoría absoluta y la Institución asume la responsabilidad colectivamente: son acuerdos de la Institución en su conjunto y no individualmente de sus miembros.