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Desde la entrada en vigor del Tratado de Reforma de Lisboa de 2007, el sistema institucional de la UE se compone de siete instituciones: Parlamento Europeo, Consejo Europeo, Consejo, Comisión Europea, Tribunal de Justicia, BCE y Tribunal de Cuentas (art. 13 TUE).

Se ha pasado de un sistema originariamente cuatripartito a un extenso sistema institucional. Sin embargo, se observa que al margen de las presiones o recelos que han llevado a ese amplio marco institucional, el TUE sólo le dedica un precepto marco o de cabecera con sus roles, funciones y composición en el citado Tratado a cinco instituciones que son las fundamentales en el plano jurídico-político: Parlamento, Consejo Europeo, Consejo, Comisión y Tribunal de Justicia. En relación con las otras dos (BCE y Tribunal de Cuentas) remite plenamente al TFUE para saber qué funciones y papeles asumen.

El Parlamento Europeo, el Consejo y la Comisión, en calidad de triángulo de decisión, se ven asistidas por unos órganos auxiliares, el Comité Económico y Social y el Comité de las Regiones, que tienen funciones consultivas. El Consejo dispone, además, de un destacado órgano específico quele auxilia en sus actividades, el Comité de Representantes Permanentes. A su vez, cada Institución y algunos órganos auxiliares han creado una constelación de comités y grupos de trabajo, muchísimos permanentes, otros ad hoc.

Los Tratados han sido muy rígidos a la hora de distinguir entre unos órganos principales, para los que reservan la denominación de instituciones, y otros de carácter secundario cuya misión es asistir a las Instituciones, a los que habitualmente se les denomina órganos consultivos así como el propio TFUE (art. 300).

Entre esas dos categorías extremas hay otros organismos que ejercen con autonomía sus funciones, sin asistir propiamente a otras Instituciones. Este complicado y rígido escalonamiento de Instituciones y de órganos consultivos añade cierta complejidad al sistema de la UE al incluir, además, un nivel ambiguo de otros organismos (el Defensor del Pueblo, la OLAF...) y varias decenas de Agencias.

Una Agencia es un organismo regulado por el Derecho de la UE, dotado de personalidad jurídica propia; se crea mediante una disposición de Derecho derivado con el fin de que realice una labor técnica o científica muy concreta. Responden a varios objetivos: la descentralización administrativa y geográfica y la especialización técnica y científica o integrar diversos grupos de interés.

Hay agencias reguladoras con capacidad de adopción de decisiones individuales, asesoramiento técnico o científico a la Comisión y los EEUE y asumen la responsabilidad de actividades operativas: así la Agencia del Medicamento, FRONTEX, la Agencia Europea para la Seguridad y la Salud en el Trabajo, Agencia para el Control de la Pesca, la Agencia de los Derechos Fundamentales, etc.); otras operan en el ámbito de la Política Exterior (Agencia Europea de Defensa), otras en el ámbito de la cooperación judicial (Europol, Eurojust y la Escuela Europea de Policía).

Otras agencias son de carácter ejecutivo (se les delega la ejecución de determinados programas, así la Agencia Ejecutiva de Sanidad y Consumo o la de Investigación).

Sin embargo, el BEI no es ni una institución ni un órgano de la UE, sino un establecimiento público internacional vinculado a los fines de la UE, cuyos funcionarios lo son de la UE, pero el BEI conserva su personalidad jurídica separada de la UE.