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Una vez que la Comisión ha adoptado una propuesta (ya sea legislativa o de acto no legislativo del Consejo) la envía al Consejo (al tiempo que al Parlamento Europeo y a los Parlamentos nacionales) en las veintitrés versiones lingüísticas y acompañada de una carta del Presidente de la Comisión (o de algún Comisario). La Secretaría General del Consejo se encarga de enviarla a las Representaciones Permanentes de los Estados miembros y al Comité de Representantes Permanentes (COREPER).

Desde la Secretaría General del Consejo se enviaría la propuesta al Parlamento Europeo cuando se requiere su consulta simple o la aprobación en algunos procedimientos legislativos especiales y procedimientos de actos no legislativos. También se envía la propuesta al Servicio Jurídico y a las Direcciones Generales afectadas por el tema de la propuesta, a fin de que la analicen y puedan informar y ayudar adecuadamente a la Presidencia (del Consejo, del COREPER y de sus grupos de trabajo).

6.1. El papel de las representaciones permanentes y de las Administraciones nacionales

La propuesta se envía a las Representaciones Permanentes pues las Administraciones nacionales deben analizar la propuesta para preparar la posición que habrán de defender en el Consejo. Las Representaciones son el conducto diplomático obligado de relación entre el Consejo o cualquier otra Institución u órgano de la UE con los Estados miembros (EEUE).

Las Representaciones comunican las propuestas normativas a su Administración. El Ministerio o los Ministerios afectados estudian la propuesta y adoptan una posición en coordinación con el Ministerio de Asuntos Exteriores y Cooperación. Éste transmite a su vez a la Representación Permanente las líneas de actuación acordadas para que los miembros de la Representación actúen en los comités y grupos de trabajo de conformidad con las instrucciones dadas.

6.2. El examen de los condicionantes generales por el Consejo y la transparencia

El Consejo debe desempeñar sus funciones normativas con transparencia y en el respeto a los Tratados (competencia de atribución, subsidiariedad, etc.).

También los grupos de trabajo, el COREPER y el Consejo, con la ayuda del Servicio Jurídico del Consejo, deben examinar si el acto que van a debatir respeta el principio de atribución o si las modificaciones previstas se ajustan a dicho principio, si está debidamente motivado y si respeta el principio de subsidiariedad y proporcionalidad.

Desde hace años hay una preocupación por la simplificación y clarificación de los actos, la consolidación oficiosa de actos modificados y la codificación oficial (sustitución formal de diversos actos de modificación por uno solo sin cambiar su contenido).

El Consejo Europeo, en sus reuniones en Birminghan y Edimburgo (1992), acordó que el Consejo celebre debates abiertos sobre los programas de trabajo de la Presidencia y de la Comisión, sobre cuestiones fundamentales de interés de la UE y sobre nuevas propuestas legislativas de importancia. Y a partir del Consejo Europeo de Sevilla (2002) se acordó, además, abrir al público las sesiones en las que delibera sobre propuestas legislativas (recogido en los arts. 17 TUE y 15.2 TFUE); se pone a disposición del público una sala para que sigan las sesiones de presentación del acto por la Comisión, el debate, la votación final y las explicaciones de voto.

Sin embargo, las actas de las sesiones del Consejo no se publican; son accesibles en determinados casos, conforme al Reglamento del Parlamento y del Consejo relativo al acceso del público a los documentos del PE, del Consejo y de la Comisión, de 30 de mayo de 2001 en aplicación del entonces artículo 255.2 TCE (hoy, art. 15.3 TUE). Los resultados de las votaciones son públicos cuando el Consejo actúa en calidad de legislador (actos jurídicamente vinculantes), salvo que el Consejo disponga otra cosa.

6.3. El examen de la propuesta por los órganos preparatorios del Consejo

El Presidente del COREPER, asesorado por la Secretaría General del Consejo (Servicio Jurídico) y, a veces, en consulta con los otros Jefes de Representación Permanente, asigna la propuesta, según sus caracteres al COREPER II (nivel Jefes de representación) o al COREPER I (nivel Adjuntos). En ocasiones el Presidente del COREPER decide enviar la propuesta para ser estudiada en sus diferentes aspectos por los dos niveles.

A su vez, cada uno de estos niveles, antes de iniciar el estudio de la propuesta correspondiente o de los aspectos que le han sido encargados, envía la propuesta o la parte asignada a uno o varios grupos de trabajo en función de las materias afectadas por la propuesta para su estudio técnico. La mecánica de los comités y grupos de trabajo consiste en examinar detalladamente la propuesta de la Comisión, defender la posición de cada delegación, estar atentos a las enmiendas que haya introducido el Parlamento Europeo, discutir su contenido y posibles modificaciones hasta decantar un acuerdo o una mayoría suficiente que permita, en los niveles superiores de decisión, su adopción.

Cuando un grupo de trabajo ha terminado el examen de la propuesta hace un informe en el que se destacan los aspectos sobre los que se ha llegado a un acuerdo (son los puntos «I» del informe) y aquellos otros aspectos (puntos «II») que se someten a la discusión del COREPER.

Éste, al examinar el informe, ratifica, si lo cree procedente, los puntos I que ya fueron aceptados por las delegaciones a nivel de grupo. Generalmente los aprueba sin discusión. Y sobre aquellos otros aspectos que no alcanzaron un acuerdo en los grupos de trabajo, el COREPER emplea su debate. En esta fase comienza la preparación técnico-política: el diálogo en el COREPER I y II adquiere unos márgenes de flexibilidad y con amplias posibilidades de transacción debido a los contactos directos que los Representantes Permanentes (y sus Adjuntos) mantienen con sus Gobiernos (con el Ministro o el Presidente del Gobierno).

Tanto en sus reuniones formales como en todos los contactos, el COREPER tratará de alcanzar nuevos acuerdos sobre la posición del Parlamento Europeo en primera lectura o, si rechazaran aquélla, sobre la propuesta de la Comisión o bien posiciones consensuadas o unánimes en torno a una modificación de la propuesta; también, en ocasiones, sugerirá a la Comisión la modificación pertinente que permitirá un acuerdo mayoritario sobre su propuesta.

6.4. Los límites del derecho de enmienda del Consejo

Cabe preguntarse si el Consejo tiene límites en su derecho de modificación de las propuestas de la Comisión. En un asunto sometido al Tribunal de Justicia, la Comisión manifestó que el derecho de modificación se limita al objeto y finalidad de su propuesta; si el Consejo se excediese de esos límites, la decisión en cuestión debería ser considerada como si hubiera sido adoptada en ausencia de propuesta de la Comisión y, por tanto, nula (violación de formas sustanciales, art. 263 TFUE). El Tribunal de Justicia afirmó que en ese caso no era necesario pronunciarse sobre los límites del derecho de enmienda, porque estimó que el Consejo no había modificado la finalidad de la propuesta de la Comisión, dando a entender que existen tales límites a fin de que el Consejo no llegue a suplantar la propuesta de la Comisión.

En otra sentencia posterior ha estimado que si las modificaciones están comprendidas en el ámbito de aplicación de las propuestas iniciales de la Comisión, el Consejo no se extralimita en el ejercicio del derecho de enmienda. De forma indirecta, el Tribunal de Justicia ha aceptado que el Consejo pueda introducir modificaciones autónomas (es decir, no a petición del Parlamento Europeo) que «se aparten en lo esencial» o «que afectan a la propia sustancia» de la propuesta de la Comisión; pero en estos casos, el Consejo deberá consultar de nuevo al Parlamento Europeo.

En el Acuerdo insterinstitucional «Legislar mejor» de 2003 se ha establecido, en el marco de la codecisión, que si el Consejo y el PE introdujeran modificaciones sustanciales respecto de la propuesta de la Comisión podrán encargar también, sobre la base de criterios y procedimientos definidos conjuntamente, análisis de impacto previos a la aprobación de una modificación sustancial, bien en primera lectura, bien en la fase de conciliación.

6.5. Las deliberaciones del Consejo

Las reuniones del Consejo, semanales, se desarrollan conforme a un orden del día preparado por el COREPER y dividido en dos partes: la Parte A y la Parte B. Obviamente, las decisiones que adopta el Consejo mediante procedimiento escrito no se incluyen dentro del orden del día.

6.5.1. La parte «A» del orden del día del Consejo

Cuando se incluye un punto en la parte «A» del orden del día del Consejo esto implica que el COREPER le recomienda que los apruebe de forma global y automática, sin entrar en su discusión. Lo más probable es que el Consejo adopte la propuesta sin debate.

Dicho acuerdo se refiere al procedimiento de adopción sin debate y no al procedimiento de votación. Los puntos que se someten al Consejo en la Parte A pueden haber reunido las mismas condiciones de adopción requeridas para cada caso en los Tratados (mayoría cualificada, unanimidad). Basta que la minoría no se oponga al procedimiento de adopción sin debate en el Consejo.

Otro aspecto importante relativo a los puntos A es que, si bien pueden ser aprobados automáticamente por el Consejo, sin suscitar debate, cualquier miembro del Consejo o la Comisión misma, pueden pedir un debate sobre cualquier punto de la parte A.

Estos puntos «A» pueden referirse a la primera lectura como a la segunda lectura en el procedimiento legislativo ordinario. En la primera lectura irán como puntos «A» las posiciones del Consejo que pueden consistir en aprobar la posición del Parlamento Europeo (si tienen la conformidad de la Comisión por mayoría cualificada, de lo contrario por unanimidad); también puede ir su posición con sus propias enmiendas. En segunda lectura irán como puntos «A» cuando acepte todas las enmiendas del Parlamento Europeo.

Una vez aprobada la parte A del orden del día, todos los actos normativos son revisados y contrastados en todas las versiones lingüísticas, de nuevo, por un comité de «juristas lingüistas», dependiente de la Secretaría General del Consejo, el cual está autorizado, conforme ha declarado el Tribunal de Justicia, a introducir únicamente correcciones ortográficas o gramaticales y no otras correcciones o modificaciones.

6.5.2. La parte «B» del orden del día del Consejo

Cuando el COREPER incluye una propuesta en la parte B, recomienda al Consejo que delibere y decida sobre una propuesta que no reúne la mayoría necesaria de las delegaciones en los grupos de trabajo ni en el COREPER. También le puede estar recomendando que mantenga un debate de conjunto sobre un sector o política de la UE. En los puntos B también puede haber votación en esa sesión si el orden del día así lo expresa.