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El Consejo es una institución en la que están representados los intereses nacionales y, por ello, encarna el principio de la representación de los Estados integrados en la UE. Hasta la entrada en vigor de la reforma de Lisboa era la única institución que encarnaba el principio de la legitimidad intergubernamental o representatividad territorial, pero desde entonces comparte esa representación de los intereses nacionales con el Consejo Europeo. Pero este último es un ejecutivo intergubernamental a diferencia del Consejo que es fundamentalmente un legislativo intergubernamental. El Consejo asume los más importantes poderes de decisión legislativa y presupuestaria, así como de definición de políticas y de coordinación en la UE (art. 16 TUE).

Asume tan importantes y diversas funciones porque la creación, primero, de las Comunidades Europeas y, más tarde, de la UE, así como su dinámica misma, está condicionada a la existencia y permanencia de los EEUE. El Consejo se regula en los artículos 16 TUE y 237 a 243 TFUE.

El Consejo no es una conferencia internacional ni sus actos son acuerdos internacionales, a pesar de ser una institución compuesta por miembros de los Gobiernos de los EEUE, quienes, en consecuencia, representan y defienden legítimamente intereses nacionales.

Es cierto que los miembros del Consejo hacen valer intereses nacionales, pero el resultado de sus deliberaciones es armonizar esos intereses particulares en el superior interés de la UE. El Consejo es una institución que, después de un complejo proceso de confrontación de intereses nacionales, define el interés común.

El Consejo, aunque no es independiente de los Estados, expresa una voluntad propia, distinta de la voluntad de cada uno de los Estados y la decisión del Consejo se impone a todos los EEUE, hayan votado a favor o en contra o se abstuvieran. Como la voluntad del Consejo es distinta a la de sus miembros, un Estado, aun habiendo votado a favor, podría impugnar un acto del Consejo, pues el voto de un Estado no tiene relevancia autónoma; es un elemento de la voluntad colegiada. Por el contrario, un EUE no pierde sus derechos (la legitimación activa ante el Tribunal de Justicia) por el hecho de haber contribuido a formar la voluntad de una institución de la UE.