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El Parlamento Europeo aprueba su propio Reglamento interno en el que se desarrolla el modo de ejercicio de sus competencias. El PE cuenta con algo más de 5.500 empleos permanentes y un centenar de agentes temporales.

El Parlamento Europeo elige a su propio presidente por mayoría absoluta (a partir de la cuarta votación, por mayoría simple), a los vicepresidentes y a los cuestores (quienes se ocupan de las cuestiones administrativas y económicas de los diputados), todos ellos por un período de dos años y medio.

El Presidente del Parlamento Europeo dirige el conjunto de actividades parlamentarias. Dispone de todos los poderes cuando preside las deliberaciones (da la palabra, somete a votación los asuntos, proclama los resultados, hace observar el Reglamento, etc.) y representa al Parlamento en el interior de la UE y en las relaciones internacionales. Si participase en algún debate, debe dejar la presidencia hasta que termine la discusión de la cuestión.

Cada período anual comprende doce sesiones; la sesión anual se inicia el segundo martes de marzo de cada año y se denomina período parcial de sesión a la reunión que tiene lugar cada mes (de tres a cinco días). También puede reunirse en sesión extraordinaria a petición de la mayoría de sus miembros, del Consejo o de la Comisión.

3.1. Los grupos políticos

Los diputados se agrupan por afinidades políticas y no por su nacionalidad. Todo grupo político estará integrado por diputados elegidos en al menos una cuarta parte de los EEUE. El número mínimo de diputados necesario para constituir un grupo político es de veinticinco. No está permitido constituir un grupo político con diputados de una misma nacionalidad.

Los diputados que no desean adherirse a un grupo no precisan, como es obvio, de un número mínimo para estar en el «grupo» de los «no inscritos». Sólo se puede pertenecer a un grupo político.

La existencia de los grupos tiene su importancia a efectos de la formación de las Comisiones parlamentarias y de la Mesa (y de la Conferencia de Presidentes) del Parlamento. Son, a su vez, el resultado de las coaliciones electorales y de la formación reciente de partidos políticos a nivel europeo, si bien hay que reconocer que, pese al desideratum expresado por el artículo 10.4 TUE en torno al fortalecimiento de los partidos políticos europeos, éstos son aún construcciones artificiales.

3.2. La organización de los trabajos parlamentarios

La Mesa del PE está formada por el Presidente, los vicepresidentes y los cuestores (sin derecho de voto). Le corresponde a la Mesa regular las cuestiones económicas, de organización y administrativas que afecten a los diputados, así como a la secretaría y a los funcionarios y otros agentes del PE.

La Conferencia de Presidentes está compuesta por el Presidente del PE y por los presidentes de los grupos políticos. Es el órgano de acción del PE y le corresponde a la Conferencia tratar las cuestiones referidas a la organización de los trabajos parlamentarios, el orden del día, comparecencias, la programación legislativa, etc. y las relaciones con otras instituciones de la UE y organismos no comunitarios.

La Conferencia de Presidentes de Comisión reúne a todos los presidentes de las comisiones parlamentarias temporales o permanentes; la Conferencia de Presidentes de Delegación está integrada por los presidentes de todas las delegaciones interparlamentarias permanentes.

El PE, además de desarrollar sus trabajos en sesiones plenarias, también trabaja en comisiones parlamentarias.

El PE puede crear comisiones parlamentarias permanentes o temporales, generales o especiales y comisiones de investigación (art. 226 TFUE). Las comisiones se forman teniendo en cuenta una representación equitativa por Estados y de las ideologías políticas (lo que significa que la adscripción no compete siempre al diputado de forma personal); se puede pertenecer a más de una comisión parlamentaria.

En el seno de las comisiones parlamentarias se examinan las cuestiones que le solicita el Pleno y se confrontan las posiciones de los grupos. Se encarga a un ponente la elaboración de un Informe y un proyecto de resolución o de Dictamen, según la naturaleza deliberante o legislativa del acto informado; si se aprueban en la comisión parlamentaria se eleva al Pleno para su discusión y aprobación. Además, el Pleno puede delegar en la comisión competente la elaboración del dictamen, cuando son asuntos técnicos sin alcance general.

La Comisión Europea tiene derecho a asistir y participar en las sesiones plenarias y es costumbre arraigada que asistan uno o varios Comisarios o el Presidente mismo de la Comisión (art. 230 TFUE). También tiene derecho a asistir a las comisiones parlamentarias, estando representada por altos funcionarios (a veces, también por algún Comisario al presentar una propuesta). La razón de la presencia de la Comisión en los trabajos parlamentarios estriba en su derecho de iniciativa normativa: de un lado, porque el Parlamento Europeo debate sus proyectos normativos y puede recoger sus sugerencias y, de otro, porque, en tanto el Consejo no haya decidido, sólo la Comisión puede modificar su propuesta y tener en cuenta el dictamen parlamentario. Por otra parte, es obvio que la Comisión, como el Consejo, está obligada a asistir al Pleno cuando deben responder a las interpelaciones de los diputados.

3.3. El sistema de votaciones y quórum

El sistema de votaciones previsto con carácter general es el de mayoría absoluta de los sufragios expresados. Sin embargo, para cuestiones específicas los tratados o el reglamento interno pueden exigir otras mayorías. Por ejemplo, el rechazo en el procedimiento legislativo ordinario, la aprobación de enmiendas y el rechazo del presupuesto, exigen una mayoría absoluta de los diputados que componen el PE; la moción de censura a la Comisión prevé una doble mayoría de dos tercios de los votos expresados y la mayoría absoluta de los miembros que componen el PE; la consolidación de las enmiendas al presupuesto exigen una mayoría de tres quintos en la tercera lectura. El quórum fijado por el Reglamento interno es de un tercio de los miembros efectivos —con mandato en curso —; sólo es exigible su constatación si cuarenta diputados lo piden previamente a una votación. Pero si en la Sala hay menos de cuarenta diputados el propio Presidente puede constatar la falta de quórum.